Bankenaufsicht, Versicherungsaufsicht und der Bereich Wertpapieraufsicht/Asset-Management sind drei verschiedene Organisationseinheiten der BaFin:
In ihnen beaufsichtigen die Fachreferate in insgesamt zwölf Abteilungen Kreditinstitute, Versicherungsunternehmen, Finanzdienstleistungsinstitute und Kapitalanlagegesellschaften. Fragen mit grundsätzlicher Bedeutung für das Aufsichtsrecht werden in Grundsatzreferaten bearbeitet.
Sektorübergreifende Aufgaben übernehmen Querschnittsabteilungen, so z.B. Grundsatzfragen quantitativ-mathematischer Modellierung bei Markt-, Kredit-, Liquiditäts- und operationellen Risiken. Auch Geldwäsche und Terrorismusfinanzierung gehören zu den Aufgaben.